一、補充協議的效力如何認定
簽訂合同時的補充協議，可以按新的合同進行處理，如果補充協議符合法律規定的，具有法律效力。
《中華人民共和國民法典》第五百一十條 【合同沒有約定或者約定不明的補救措施】合同生效后，當事人就質量、價款或者報酬、履行地點等內容沒有約定或者約定不明確的，可以協議補充;不能達成補充協議的，按照合同相關條款或者交易習慣確定。
第一百四十三條 【民事法律行為有效的條件】具備下列條件的民事法律行為有效：
1.行為人具有相應的民事行為能力;
2.意思表示真實;
3.不違反法律、行政法規的強制性規定，不違背公序良俗。
二、補充協議的內容規定是什么
1.一般情況下，補充協議不能涉及主合同約定的主要標的物，不能對主合同進行實質性修改。如果要對主合同進行實質性的修改，其前提是必須符合法律規定事由，例如在合同履行過程中正常的變更或建筑面積等的變化，就可以通過簽訂補充協議或簽證來進行。
2.特殊情況下，建筑許可、建筑工程發包與承包、建筑工程監理需要在相關部門備案的合同，以及經過招投標的合同，其條款一般不能在補充協議中隨便更改。但是，現實中由于合同雙方在主合同簽訂后往往需要訂立一些與原合同不一致(主要是工程價款方面)的補充協議，按照招投標法及最高人民法院的相關司法解釋，這樣的補充合同中的內容是具有相應效力的，也不能推翻原合同。
3.從理論上說，經過備案的以及經過招投標的合同，涉及合同實質性內容的變更簽證，應再度進行備案。至于這種備案是否是強制性的，如何進行備案，目前法律上并無新增的管理規定，可以參考當地備案部門的相關要求來決定。
三、補充協議效力是否大于合同效力
補充協議如果是當事人依法訂立的，效力大于合同效力。因為補充協議是對合同未約定事項或約定不明的事項的補充，因此二者相沖突的，應當適用補充協議的有關約定。


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